A történet ott folytatódik, ahol az első évad véget ért. A Toba-Fushimi-i ütközet csúfos vereséggel ért véget, így a Shinsengumi menedéket keresve visszatér Edóba. Hijikata éjt nappallá téve dolgozik, s mindezek mellett meg kell birkózzon az ochimizu mellékhatásaival, melyek Chizuru figyelmét sem kerülik el. Az események egyre rosszabbra fordulnak, mind a Shinsengumi csapatában, mind a rasetsukkal kapcsolatban.